El territorio de la actual Moldavia fue habitado en la Antigüedad por los dacios. Ubicada sobre una ruta estratégica entre Asia y Europa, Moldavia ha sido víctima de numerosas invasiones, incluyendo el Rus' de Kiev y los mongoles.
A fines de la Edad Media la Moldavia comprendía todo el territorio poblado mayoritariamente por rumanos ubicado entre los montes Cárpatos al oeste y el río Nistru al este. En el siglo XIV teniendo por núcleo la Bucovina se constituyó el principado de Moldavia que fue invadido y ocupado por los turcos en 1512, la familia de "beŷs" (especie) de "virreyes" apellidada Basarab al servicio de la llamada "Sublime Puerta" ( Imperio Otomano ) dio el nombre al sector de Moldavia ubicado al noreste del río Codrii, así surgió la provincia de Besarabia, que incluía casi la totalidad de la actual República de Moldavia aunque también algunos distritos hacia el sur ( que tras 1947 pasaron a Ucrania), de este modo se conformó la parte oriental del principado de Moldavia. Este se volvió tributario del Imperio Otomano teniendo como límite oriental al Jedisán y septentrional a la Podolia, aunque en 1812 el Tratado de Bucarest transfirió Basarabia a Rusia como uno de los "Principados Danubianos". La parte occidental de Moldavia se convirtió más tarde en parte de Rumania. la Guerra de Crimea hizo retroceder las fronteras rusas en la región, aunque la Basarabia ( cuyo territorio es el que constituye junto a la Transnistria la mayor parte de la actual república de Moldavia ) se mantuvo bajo control ruso.
Tras la revolución rusa, Basarabia fue rápidamente convertida en una república independiente en 1918, pero se unió a Rumanía más tarde ese mismo año, quedando sólo la pequeña franja de la Transnistria dentro de la URSS. El pacto Molotov-Ribbentrop permitió a la Unión Soviética tomar Basarabia en junio de 1940 y, a pesar de ser expulsadas nuevamente en 1941 tras la Operación Barbarroja, las tropas soviéticas reocuparon el área en agosto de 1944. Bajo el gobierno soviético las regiones del norte y el sur habitadas por ucranianos y rumanos fueron transferidas a Ucrania y Transnistria (con una importante población rusa) se unió con el resto en una república soviética llamada "República Soviética Socialista de Moldavia", la cual ocupaba el actual territorio de la República de Moldova.
Cuando la Unión Soviética desapareció, en agosto de 1991, Moldavia se proclamó independendiente convirtiéndose en miembro de la Comunidad de Estados Independientes en diciembre de ese mismo año, al igual que la mayoría de las anteriores repúblicas soviéticas. El primer presidente de la Moldavia independiente fue Mircea Snegur. En un principio hubo un movimiento pro-reunificación con Rumania, pero un referendo en marzo de 1994 recibió una enorme mayoría de votos a favor de la conservación de la independencia.
Ese mismo año, la nueva Constitución de Moldavia, en vistas de acomodar a las minorías rusa, ucraniana y gagauza, reconoce la creación de sus propias entidades territoriales dentro de la estructura nacional de la República de Moldova, permitiendo la creación de organismos legislativos propios, gobierno y competencias lingüísticas. Del mismo modo, se permitía para estos territorios la secesión si Moldavia se uniera a Rumanía.
Las elecciones presidenciales de 1996 resultaron propicias para los agrarios y los socialistas, principales partidos de la izquierda moldava, y Petro Lucinschi fue nombrado Presidente de la República, con un 54 por ciento de los sufragios. Desde el principio de su mandato, Lucinschi trató de solucionar el problema, ya endémico, de Transnistria, acercando posiciones con la Federación Rusa. Sin embargo, las conversaciones entre los nacionalistas de Transnistria y los representantes de la República de Moldova continúan siendo intermitentes y poco productivas, pese al amplio grado de autonomía que el Estado moldavo ha otorgado a este territorio.
Las elecciones legislativas celebradas en 1998 estuvieron caracterizadas por la soledad en que se quedó el partido ganador, el Partido Comunista de la República de Moldova, que no pudo formar gobierno. Buena parte de los partidos restantes de la cámara se unieron en torno al Bloque para una Moldavia Próspera y a la Convención Democrática, formando un gobierno de coalición. La falta de acuerdos, la crispación política y el fracaso a la hora de elegir un nuevo Presidente de la República, provocaron la convocatoria de elecciones anticipadas para el 25 de abril de 2001. El Partido Comunista, con Vladimir Voronin y Vasile Tarlev a la cabeza, obtuvo una importante victoria electoral, consiguiendo la mitad de los votos emitidos, y obteniendo la mayoría absoluta en la cámara. Voronin se convirtió en Presidente de la República de Moldova, y Tarlev en Primer Ministro. El partido comenzó un amplio proceso de reformas económicas y sociales para favorecer su entrada en la Unión Europea. Los esfuerzos del gobierno también se orientaron en la creación de empleo. El distanciamiento de Moldavia con respecto a la Federación Rusa ha sido, sin embargo, un creciente problema en el asunto de Transnistria. Los comunistas revalidaron la mayoría absoluta en las elecciones de marzo de 2005, aunque redujeron su número de representantes en la cámara de 71 a 56.
